Hubungan struktur dan sifat adalah pendifinisian empiris kualitatif atau kuantitatif antara struktur molekul dengan sifat yang teramati, dalam beberapa kasus, ini merupakan duplikat dari hasil mekanika statistika.Hubungan struktur dan sifat yang dikaji belakangan ini selalu merupakan hubungan matematika secara kuantitatif. Hubungan sering sekali diturunkan dengan menggunakan perangkat lunak fitting kurva untuk mendapatkan kombinasi linear sifat-sifat molekular, yang dapat memprediksi sifat-sifat...
Monday, April 26, 2010
Ruang Lingkup Kimia Komputasi
Ruang lingkup kimia komputasi mencakup berbagai bidang antara lain:a. Dinamika MolekulerDinamika molekuler mengandung pengujian terhadap perilaku molekul atau sistem kimia sebagai fungsi waktu, seperti geraka vibrasional atau gerakan Brownian, hal ini sering dikerjakan dengan penjelasan mekanika klasik yang hampir sama dengan perhitungan mekanika molekular.Penerapan dinamika molekular pada sistem pelarut/zat terlarut memungkinkan dilakukannya perhitungan sifat sistem seperti koefisien difusi atau...
Sunday, April 25, 2010
Saturday, April 24, 2010
Optimasi Struktur Molekul
HyperChem mengkombinasikan kemampuan optimasi untuk teknik mekanika kuantum dan mekanika molekuler dengan fasilitas manipulasi dan visualisasi struktur. simulasi dinamika molekul dan pengaturan yang sesuai kehendak pengguna, dengan program HyperChem, kita dapat menentukan struktur stabil dengan cara yang mudah.Penentuan struktur yang stabil dari molekul merupakan langkah perhitungan yang paling umum terjadi pada pemodelan molekul. Energi relatif dari struktur teroptimasi yang berbeda akan menentukan...
Friday, April 23, 2010
Perkembangan Kimia Komputasi
Perkembangan kimia komputasi yang sangat pesat dimulai pada tahun 1950- telah mengubah diskripsi suatu sistem kimia dengan masuknya unsur baru di antara eksperimen dan teori yaitu eksperimen komputer (Computer Experiment), dalam eksperimen komputer, model masih tetap menggunakan hasil dari pakar kimia teoritis, tetapi perhitungan dilakukan dengan komputer berdasarkan atas suatu "resep", algoritma yang dituliskan dalam bahasa pemograman. Keuntungan dari metode ini adalah dimungkinkan menghitung sifat...
Metode Kimia Komputasi
HyperChem merupakan program yang dapat secara teliti untuk mengetahui struktur, stabilitas dan sifat molekul dengan menggunakan perhitungan mekanika molekular apapun mekanika kuantum. Tersedia metode sederhana untuk menghasilkan struktur molekul 3D, kita dapat memilih 10 jenis metode semiempiris dan menggunakanya untuk mengoptimasi geometri suatu senyawa...
KEMAMPUAN HYPERCHEM
Program Hyperchem, merupakan program kimia aplikasi 32 bit, yang dikembangkan oleh HyperCube Inc, untuk sistem operasi Windows 95/98, Windows NT, Windows XP, Windows Vista, Windows 7 dan Linux. HyperChem merupakan program handal dari pemodelan molekul yang telah diakui mudah digunakan, fleksibel dan berkualitas, dengan menggunakan visualisasi dan animasi...
Wednesday, April 21, 2010
MERKURI
Merkuri adalah unsur logam yang mempunyai nomor atom (NA = 80) serta mempunyai massa molekul relatif (Mr = 200,59) dengan konfigurasi elektron [Xe] 4f14 5d10 6s2 (Ebadian, 2001). Merkuri diberi simbol Hg yang merupakan singkatan yang berasal dari bahasa yunani hydrargyricum, yang berarti cairan perak. Merkuri sangat sedikit ditemukan...
Enceng Gondok
Enceng gondok di indonesia pada mulanya diperkenalkan oleh kebun raya bogor pada tahun 1894 yang akhirnya berkembang di sungai ciliwung sebagai tanaman penganggu. Menurut Lawrence (1964) dan Moenandir (1990) dalam Hernowo (1999), enceng godok secara botanis mempunyai sistematika sebagai berikut:Divisio : Embryophytasi PhonogamaSub Divisio...
Metode Mekanika Kuantum (Quantum Mechanic, QM) dan Mekanika Molekuler (Moleculer Mechanics, MM)
Metode dinamika molekuler merupakan metode simulasi yang sangat berguna dalam mempelajari sistem molekuler seperti molekul organik dalam larutan dan senyawa makromolekul dalam proses metabolisme. Metode ini memungkinkan penggambaran struktur, sifat termodinamika dan sifat dinamis dari sistem pada fasa terkondensasi. Bagian pokok dari metodologi simulasi...
Mekanika Molekul
Mekanika molekul merupakan sebuah metode empiris yang digunakan untuk menyatakan energi potensial dari molekul sebagai fungsi dari variabel geometri. Elektron tidak dipertimbangkan secara eksplisit dan fungsi energi potensial bergantung pada posisi dari inti. Fungsi energi potensial ini merupakan pendekatan tipe Born Oppenheimer yang menyatakan energi potensial permukaan pada tingkat inti atom. Dalam hal ini gerakan elektron dihitung sebagai rerata relatif terhadap pengaruh gerakan inti. Sistem...
Mekanika Kuantum
Kimia kuantum didasarkan pada postulat mekanika kuantum, dimana mekanika kuantum diperlukan untuk mempelajari partikel-partikel mikroskopis seperti elektron, inti atom, atom dan molekul, dinamika mekanika klasik tidak mampu untuk menjelaskan kelakuan-kelakuan partikel tersebut (menguraikan sifat-sifat dasar partikel yang penting karena elektron terlibat dalam perubahan kimia) (Hyperchem Manual, 2002).Mekanika kuantum dalam prakteknya terbagi menjadi dua metode, yaitu ab initio dan semiempirik. Perhitungan...
Himpunan Basis (Basis Set)
Basis set dalam ilmu kimia adalah kumpulan fungsi matematika yang digunakan untuk menyusun gugus orbit suatu molekul. Kumpulan fungsi-fungsi matematika yang ada disusun dalam kombinasi linier dengan menyertakan nilai koefisien di dalamnya. Fungsi yang digunakan umumnya adalah gugus-gugus orbit atom penyusun molekul tersebut. Perhitungan kimia kuantum umunya dilakukan dalam satu set basis perhitungan yang terdiri atas fungsi gelombang yang ada disusun secara linier. Proses perhitungan, kumpulan orbital...
Pemodelan Spektra Molekul
Spekroskopi adalah studi mengenai interaksi cahaya dengan atom atau molekul. Radiasi cahaya adalah suatu radiasi elektromagnet yang memiliki sifat ganda, yaitu sifatnya sebagai partikel dan sebagai gelombang. Sifat gelombang yang terpenting adalah panjang gelombang (λ). λ adalah jarak yang ditempuh oleh gelombang selama satu siklus. Selain itu gelombang...
QM/MM
Metode gabungan QM/MM semakin populer dan powerful untuk memodelkan reaksi enzim. Metode ini menggabungkan penggambaran kimia kuantum dari gugus yang langsung terlibat dalam reaksi dengan perlakuan yang lebih sederhana mekanika molekul untuk enzim dan lingkungannya (Rustaman, 2008).Skema penggandengan yang berbeda dapat digunakan untuk menangani interaksi antara bagian QM dengan bagian MM. Enzim bersifat polar, sehingga penting untuk memasukkan polarisasi dari atom-atom QM dengan atom-atom tetangga...
Metoda Hibrid Mekanika Kuantum/Mekanika Molekuler
QM/MM (Quantum Mechanics/Molecular Mechanics)Dalam hyperchem, kita dapat langsung memilih satu bagian dari molekul dan kemudian memperlakukannya secara mekanika kuantum sementara bagian yang tersisa diperlakukan sebagai potensial yang akan dimasukkan sebagai medan coulomb eksternal dalam perhitungan mekanika kuantum. Perhitungan ini memadukan deskripsi kuantum (satu bagian yang terpilih) dengan deskripsi klasik (mekanika molekuler) muatan titik pada atom-atom yang berada pada bagian yang tetap....
Tuesday, April 20, 2010
Hyperchem
Hyperchem dikeluarkan Autodesk Incorporation (Kanada) merupakan salah satu perangkat lunak yang berjalan di bawah sistem operasi windows Hyperchem merupakan program aplikasi komputer dibidang kimia dan mengkhususkan penggunaanya dibidang kimia dengan menterjemahkan bahasa matematis mekanika kuantum menjadi program kimia siap pakai (Hyperchem Manual, 2002).Hyperchem merupakan suatu program stimulasi dan pemodelan molekul yang memungkinkan penampilan dan perhitungan kimia yang rumit, fungsi-fungsi...
Pemodelan Molekuler
Pemodelan molekuler suatu cara untuk mengambarkan atau menampilkan perilaku suatu sistem molekul semirip aslinya (Da Silva, 2008). Contoh model molekul adalah pengambaran dua dimensi dengan struktur lewis, yang menggambarkan electron dengan titik dan ikatan dengan garis (Jensen, 1999), namun umumnya orang menghubungkan pemodelan molekul dengan deskripsi struktur kimia dalam bentuk dimensi. Ada yang mendefinisikan pemodelan molekuler merupakan deskripsi dan representasi molekul dalam bentuk tiga...
Subscribe to:
Posts (Atom)
