Pemodelan Molekuler

Pemodelan molekuler suatu cara untuk mengambarkan atau menampilkan perilaku suatu sistem molekul semirip aslinya (Da Silva, 2008). Contoh model molekul adalah pengambaran dua dimensi dengan struktur lewis, yang menggambarkan electron dengan titik dan ikatan dengan garis (Jensen, 1999), namun umumnya orang menghubungkan pemodelan molekul dengan deskripsi struktur kimia dalam bentuk dimensi. Ada yang mendefinisikan pemodelan molekuler merupakan deskripsi dan representasi molekul dalam bentuk tiga dimensi yang berkait dengan sifat fisikokimia (Leach, 1996) definisi lain menyatakan bahwa pemodelan molekuler merupakan segala hal yang dikerjakan dengan bantuan komputer untuk menampilkan, mengambarkan atau mengevaluasi sifat-sifat suatu molekul (danielsson, 2004). Pemodelan molekuler dilakukan untuk memberikan gambaran tentang perilaku molekul, yang pada akhirnya digunakan untuk melakukan perhitungan-perhitungan fisika dan kimia dari molekul tersebut. Pemodelan molekuler akan memberikan kemudahan dalam memahami struktur molekul, sifat-sifat perilaku sistem molekul (Leach, 1996).

Pemodelan dengan komputer akan terasa lebih mudah karena parameter-parameter yang terdapat dalam suatu molekul dapat dibuat dengan bantuan komputer. Perhitungan numeris dapat dilakukan dengan cepat meskipun memerlukan banyak interaksi. pemodelan dengan menggunakan komputer merupakan pemodelan secara matematis dari molekul dan sifat-sifatnya, seperti posisi atom (koordinat kartesian dan koordinat internal), sifat-sifat electronic, maupun energi yang merupakan satu set dari persamaan-persamaan yang meliputi jarak atom, tipe atom dan ikatan antara atom (Spiegel, 2004) pendekatan seperti ini dikenal dengan pendekatan kimia komputasi.

Kimia komputasi adalah cabang ilmu kimia yang menggunakan hasil kajian kimia teori yang diterjemahkan ke dalam program komputer untuk menghitung sifat-sifat molekul dan perubahannya (Leach, 1996). Contoh sifat-sifat molekul yang dihitung antara lain struktur, energy, muatan, momen dipole, kereaktifan, frekuensi getaran dan besaran spektroskopi lainnya. Istilah kimia komputasi juga digunakan untuk bidang-bidang yang saling tumpang tindih antara ilmu komputer dan kimia (Levine, 2000).

Metode kimia komputasi dapat dibedakan menjadi dua bagian besar yaitu mekanika molekuler dan metode struktur elektronik yang terdiri dari ab initio dan semiempiris (Jensen, 1999). Banyak aspek dinamik dan struktur molekul dapat dimodelkan menggunakan metode klasik dalam bentuk dinamik dan mekanika molekul. Medan gaya (force field) klasik di dasarkan pada hasil semiempiris yang merupakan nilai rata-rata dari sejumlah besar data parameter molekul karena melibatkan data dalam jumlah besar (Leach, 1996)