ChemDoodle

ChemDoodle adalah software yang digunakan untuk menggambar struktur kimia baik dalam bentuk 2D atau 3D, sehingga teman-teman dapat memahami struktur senyawa kimia menurut teori. Software ini juga menyediakan tool-tool yang yang mudah digunakan seperti ikatan, berbagai macam bentuk cincin, orbital, spektra, grafik, tabel periodik dan masih banyak tool-tool yang lain yang memudahkan kita untuk menggunakannya. Software ini hampir mirip dengan software ChemSketch dan ChemOffice. Software ini bisa dijalankan di sistem Windows, Linux, OSX dan didukung oleh program Java.

Bagi teman-teman yang berminat untuk memiliki software ini untuk menyelesaikan tugas dari guru maupun dari dosen silakan di download disini. Untuk melakukan penginstalan software ini membutuhkan program Java sebagai software pendukung. Program Java dapat di download disini. Tutorial software ChemDoodle dapat di downlaod di youtube.

Pesan: Prof. Effendy, Ph.D

Bagian terindah dalam mempelajari ilmu kimia adalah saat kita bisa mengamalkannya secara ikhlas, salah satu ilmu yang dapat mendekatkan kita dengan pencipta adalah ilmu kimia, asalkan kita dapat memahami dan mengamalkannya secara ikhlas. Jadikan ilmu kimia sebagai pelita dalam menggapai keridhaan ALLAH SWT. Kesabaran keuletan dan ketelitian merupakan modal utama dalam mempelajari ilmu kimia, disamping kecintaan, semoga kecintaan pada ilmu kimia dapat mengkatalis kecintaan pada ALLAH SWT. Saat paling indah dalam belajar kimia adalah ketika dapat memahami dan mengamalkannya secara ikhlas, semoga kesulitan dalam mempelajari ilmu kimia mempermudah dalam mencapai ridho ALLAH SWT.

Continue Reading...

CHEMSKETCH

ChemSketch adalah software yang digunakan untuk mengambar dan memodelkan struktur kimia seperti software ChemOffice. Software ChemSketch dapat mengambar struktur kimia dalam bentuk 2D dan 3D. Software ini sangat mudah digunakan, hanya dengan mengklik dan mendrag tool-tool yang tersedia untuk mengambar struktur yang diinginkan. Program ini juga menyediakan struktur asam amino, alkaloid, karbohidrat, asam nukleat, DNA/RNA, lab kit (semua peralatan kimia berupa gelas), orbital, senyawa phospor, steroid, terpen, dll. Software ini juga menyediakan pengambaran kurva dan grafik. ChemSketch dikeluarkan oleh ACD/labs.com yang didownload secara gratis (freeware), bagi teman-teman yang suka, yang gratis-gratis silakan download software ini disini.., dijamin ngga bakal nyesal ???

Bagian terindah dalam mempelajari ilmu kimia adalah saat kita bisa mengamalkannya secara ikhlas, salah satu ilmu yang dapat mendekatkan kita dengan pencipta adalah ilmu kimia, asalkan kita dapat memahami dan mengamalkannya secara ikhlas.

Continue Reading...

Menggambar Struktur Kristal dengan Perangkat Lunak Ball & Stick (BS)

Balls & Sticks (BS) adalah perangkat lunak gratis untuk menggambarkan struktur kimia, terutama kristal, dalam 3D dan dapat menghasilkan gambar bitmap yang dapat disalin ke clipboard dan ditempelkan (paste) pada dokumen pengolah kata seperti Microsoft Word. Versi terbaru perangkat lunak BS (bsxxxx.zip)* dapat di-download di sini dan diinstal dengan sederhana, yakni dengan melakukan hal-hal berikut:

1. Membuat directory khusus 'BS'
2. Melakukan Uncompress bsxxxx.zip dan menempatkan file-file hasilnya (bs.exe; bs.sis; spgr.dat;dll) ke directory 'BS'

Untuk menjalankan program BS, seperti halnya program lain, cukup dengan cara mengklik dua kali ikon bs.exe. Kalau teman-teman pingin lebih banyak tau tentang software ini saya anjurkan baca buku Padatan Oksida Logam (Struktur, Sintesis, dan sifat-sifatnya) karangan Ismunandar penerbit ITB.

Continue Reading...

Chemical, Toxicity and Risk

Life is not risk-free. We all take many risks everyday, often without even thinking about it. We may decide to ride a motorbike rather than a "microlet", even though possibility to get accident on a motorbike is greater than that on a microlet. Some people decide to smoke cigarettes, even though they know that smoking has killed many people. Many people like eating "cilok" even though they might know that cilok contains sauce colored with red coloring agent usually used to color textile, and potentially dangereous monosodium glutamate (MSG) as flavor enhancer. Many reports indicate that our food often contains pesticides and dangerous additive. Newspapers often report that our lands is polluted by toxic waste dumps and some medicines are unsafe. How bad are the risks from chemicals, and how are the risks evaluated ?

it is important to realize that everything, including our body, is made of chemicals. There is no chemical free food, cosmetic, cleanser, or anything else. In addition, there is no meaningful difference between "natural" substance and "synthetic" one. A chemical is a chemical, whether it is natural or synthetic. Many naturally occurding substances such as strychnine and morphine are very toxic, and many synthetic substances such as polyethylene and glass are harmless.

Risk evaluation of chemicals is carried out by exposing test animals, usually mice, to a chemical and then monitored for signs of harm. To reduce the time and the expense required for testing. the amount of chemicals administered is hundred or thousand of times larger than those people might normally encounter. The acute chemical toxicity observed in animal tests is reported as an LD50 value, the amount of a chemical per kilogram of body weight that is a lethal dose for 50% of the animal tests.

The risk of human exposure to a given chemical is still not easy to assess even though the LD50 value of it has been obtained in test animals. All chemicals are toxic to some organisms to some extent, and the difference between medicine and toxin is often a matter of quantity. Vitamin A, for example, is necessary for vision, yet it might cause cancer at high doses. Arsenic trioxide is very poisonous. However, recent research has shown that it to be effective at inducing remissions is some types of leukemia.

Continue Reading...

Award Pertama Dari Sahabat

Kerja keras akhirnya menunai hasilnya juga, dengan mendapatkan award dari seorang sahabat lepembusu13, kata-kata para blogger sih, kalau blog ngga ada award, bagaikan sayur tanpa garam. Atas penghargaan award yang telah diberikan saya ucapkan terimah kasih, rasa senang nie ta bagikan dengan kawan-kawan para blog, maka saya akan membagikan lagi penghargaan blog award kepada 10 orang berikut ini:


1. muzzymusthofa
2. tugala
3. gudangrusak
4. ichsandi
5. downloadgratis34
6. sweetcrazystudent
7. denchiel78
8. sasaciq
9. ilmupengetahuanterbaru
10. alkatro

Aturan Main:
Bagi siapa saja yang mendapatkan penghargaan blog award ini (antara lain yg tersebut di atas) diharuskan untuk kembali membagikan penghargaan blog award yg telah diterima kepada 10 blogger anggota atau teman masing-masing. Selanjutnya si penerima penghargaan blog award harus meletakkan link-link berikut ini di dalam blog atau artikel masing-masing.

1. Dholpin's Blog
2. Kumpulan PTC
3. Loudy Blog
4. All Information For Us
5. Sumber Informasi
6. Coret-coretan di Blog
7. Teka-teki Informatika
8. Ahmil's Blog
9. lepembusu13
10. faijal chemistry

Sebelum meletakkan link-link di atas, hapus terlebih dahulu peserta nomor 1 dari daftar. Sehingga semua peserta naik 1 level. Peserta nomor 2 menjadi nomor 1, nomor 3 jadi 2, dst. Kemudian masukkan link Anda sendiri di bagian paling bawah (nomor 10). Tapi ingat...!!!, kalian semua harus adil dalam menjalankannya. Jika tiap penerima award mampu memberikan award ini kepada 5 orang saja dan mereka semua mengerjakannya , maka jumlah backlink yang akan didapat adalah:

Ketika posisi kamu 10, jumlah backlink = 1
Posisi 9, jumlah backlink = 5
Posisi 8, jumlah backlink = 25
Posisi 7, jumlah backlink = 125
Posisi 6, jumlah backlink = 625
Posisi 5, jumlah backlink = 3,125
Posisi 4, jumlah backlink = 15,625
Posisi 3, jumlah backlink = 78,125
Posisi 2, jumlah backlink = 390,625
Posisi 1, jumlah backlink = 1,953,125

Dan semuanya menggunakan kata kunci yang sObat inginkan. Dari sisi SEO (Search Engine Optimation) sobat sudah mendapatkan 1,953,125 backlink dan keuntungannya, blog sobat akan mendapatkan traffic tambahan, apalagi jika ada yang meng-klik link ke blog sobat. Jadi, jangan sia-siakan award ini ya sobat!

Continue Reading...

TABACCO SMOKE

Lung cancer kills many people in the world. The leading cause of lung cancer is tobacco smoke. The second leading cause is radon, a naturally occuring radioactive gas. Radon is relatively harmless gas. The danger arises when radon decays to produce polonium. if this happen in your lung, you risk of lung cancer increases. The combination of radon and tobacco smoking is more deadly than radon gas alone. it is up to 15 times more deadly. Radon is transformed ito polonium by a nuclear reaction. The polonium particles formed attach themselves to surfaces such as well cloth and furniture. When there is tobacco smoke in the air, much of polonium is attracted to the particles of smoke. Cigarette smoke may remain in the air inside a building for a long time. A single cigarette burned in a room increases the concentration of polonium in the air by 25%, after about five hours. This concentration remains constant for about nine hours before trailling off. Burning 20 cigarettes for a 24-hour period increases the concentration of polonium in the air up to 300%. Breathing this air result in risk of radon induced lung cancer 15 times greater than breathing smoke free air with the same concentration of radon. The combination of radon with tobacco smoke affects everyone who spends time in such a building. This is one of the reasons for the prohibitions of smoking in public buildings and in public transports in developed countries.

Continue Reading...

ChemOffice

ChemDraw pro versi 8.0 merupakan salah satu program aplikasi dari Chem Office, untuk menggambar struktur 2D dalam bidang ilmu kimia, terutama kimia organik, biokimia, dan polimer. Software ini dapat membantu anda dalam menggambar struktur kimia dengan berbagai fasilitasnya, hanya dengan mengkliknya, tool tersebut akan bekerja untuk anda.

Tool-tool dalam ChemDraw mewakili berbagai macam bentuk ikatan yang dapat anda susun menjadi struktur kimia sehingga tidaklah sulit bagi anda untuk menggambarkan struktur yang kompleks sekalipun, bahkan juga dalam berbagai bentuk konformasi dan dalam bentuk proyeksi.

Struktur-struktur tertentu yang telah umum dapat digambar secara langsung dengan mengklik tool, seperti struktur cincin benzena, siklopentana, sikloheksana dan senyawa siklis yang lain. Tool dalam ChemDraw juga menyajikan gambar struktur untuk asam amino, DNA, dan RNA yang terdapat dalam template, anda tinggal klik, membawanya ke layar, drag, maka jadilah gambar struktur anda.

ChemDraw merupakan program aplikasi untuk menggambar yang di lengkapi dengan tool-tool sehingga pengguna dapat dengan mudah membuat gambar yang diinginkannya hanya dengan mengklik tool-tool tersebut, dengan ChemDraw anda tidak akan mengalami kesulitan di dalam membuat struktur kimia. Hal ini tentu sangat membantu anda dalam menulis skripsi, thesis, karya ilmiah, ataupun jurnal, bahkan anda juga dapat mengkomunikasikan struktur yang anda miliki ke dunia web jika komputer anda di lengkapi dengan program aplikasi ChemOffice yang lain. Gambar yang telah anda buat juga dapat dengan mudah dicetak atau dibawah ke dalam program aplikasi lain seperti Ms. Word.

ChemDraw juga dapat menganalisis struktur kimia yang telah kita gambar dengan menggunakan Analys Struktur pada menu Structure, di sini anda dapat mengetahui sifat-sifat fisik struktur tersebut, misalnya, titik didih, titik leleh, berat molekul, temperatur, tekanan, dll.

Continue Reading...

Molecular Models

Molecular models are often used to help explain the shape of molecules. In using the model we should remember that a model cannot represent fully the thing modeled, and it may ever mislead us if we imagine that the thing modeled must behave as predicted with model. Therefore we should know advantages and disadvantages of each model. There are many molecular models available. There of them are ball and stick, space filling and Dreiding models.

Ball and Stick or Tinkertoy Model

In this model atoms are represented as balls with certain colours. For examples: carbon is black, hydrogen is grey, nitrogen is blue, oxygen is red, and sulfur is yellow. The bond between two atoms is representend as a stick. Single bond is represented as a single stick. There are three advantages of this model. First, this model provides good three dimensional representational of molecules. Second, the number of bonds to each atom is correctly shown. Third, the bond lengths and bond angles are also correctly shown if the model is carefully made. The main disadvantage of this model is indicated with no overlap of electron clouds of the atoms forming the covalent bond. This may give an unfortunate idea of the "openness" of a molecule.

Space Filling Model

The basic units of this model are wooden spheres with certain colours from which parts have been cut of. When they are fitted together, they roughly represent covalent redii of the atom. The scale of the actual model is 1.00 cm = 1.00 Amstrong. The assembled model provides good three-dimensional representational of molecules and shows rather well bond angles and the relative sizes of the atoms forming covalent bonding compare to the ball and stick model. However, the number and the types of bonds to each atom is not shown.

Dreiding Model

This model is constructed of metal rod and tube joined together at a point that represent an atomic nuclei. The scale of this model is 1.00 cm = 0.40 Amstrong. This model provides good three-dimensional representation of molecules and shows quite precise relative size of bond lengths and bond angles in the molecules. There are two disadvantages of Dreiding Model. First, this model does not shown the three dimensional nature of atoms. Second, multiple bond is not represented. However, Dreiding model is often the favorite of research chemists because they represent so precisely the geometric relationship in molecules. So which type of model best represents the "true" structure of molecules? No model can exhibit all the characteristic of molecules. The remarkable fact is that molecular models have been so successfully used by chemists as they think about unseen and unseeable tiny molecules that make up all matter.

Continue Reading...

Mendaur Ulang Plastik

Plastik pada dasarnya mempunyai waktu terurai yang tidak terbatas, tidak ada di alam ini yang dapat memusnakannya. Jika kamu mengubur piring plastik, mangkuk styrofoam dan kemudian menggalinya sepuluh tahun kemudian, tetap tidak akan ada perubahannya, bahkan menggalinya seratus tahun kemudian dan hasilnya akan tetap sama. Sampah yang mengandung plastik akan tetap ada bersama kita dalam waktu yang lama.

Beberapa plastik dapat dibakar sebagai bahan bakar karena mempunyai kandungan panas tinggi, namun plastik sering menghasilkan gas beracun atau korosif. Masarakat dapat mengurangi ketergantungannya terhadap plastik sampai pada tingkat tertentu. Penggunaan kotak hamburger dari kardus dan bahan pengepakan barang kiriman dari selulosa bukan dari styrofoam membantu, tetapi jawaban terbaik sampai saat ini adalah proses daur ulang.

Polimer termoplastik dapat dilelehkan dan dibentuk ulang, tetapi untuk melakukan ini, plastik harus dipisahkan menjadi berbagai komponennya. Sebagian besar wadah plastik mempunyai simbol di bagian bawahnya yang menunjukan jenis plastik apakah yang digunakan untuk membuat wadah tersebut. Para pendaur ulang dapat menggunakan simbol ini untuk memisahkan plastik menjadi berbagai kategori untuk memudahkan daur ulang.

Botol PET dan botol susu HDPE mungkin merupakan plastik yang paling sering di daur ulang, tetapi masalah utamanya bukan pada kimia yang terlibat pada proses daur ulang. Masalah utamanya adalah mendorong setiap orang, keluarga, dan dunia usaha untuk mendaur ulang dan mengembangkan suatu cara yang mudah untuk mengumpulkan dan mengelompokkan plastik untuk didaur ulang. Polimer ini terlalu berharga sebagai sumber yang hanya dipendam di tempat pembuangan sampah.

Continue Reading...

Mobile Molecular DataSheet Demo, Part 1

Continue Reading...

SITUS KIMIA POPULER

• American Chemical Society
• U.S. Enviromental Protection Agency
• Chemistry.About.Com
• Webelements.Com
• Plastics.Com
• ChemClub.com
• Institute of Chemical Education
• The Exploratorium
• Amber Tools

Continue Reading...

DOWNLOAD SOFTWARE KIMIA KOMPUTASI GRATIS

Chimera homepage

Chimera manual

Manual page for "swapna"

Changing face of Medline

Dr.joaguin barroso's blog kimia komputasi



Dr.Barry Honig’s web site (Columbia University great images of biomolecules)

NIH Center for Molecular Modeling

PDB DATEBASE

Searching our WebCite Literature Database

MacMolPlt

Gabedit

Ccp1gui

For using wxmacmolplt with pcgamess/firefly there is a short tutorial

blog David Watson computational chemistry

Try Gabedit

GAMESS website

Chemcraft

Molecular Materials Informatics software kimia komputasi untuk hp (BlackBerry)

UCSF Chimera

Schrödinger Products

LigandScout advanced structure-based pharmacophore modeling

Google Directory Science Chemistry>Software Physicaland Theoretical

Molsoft L.L.C.: Download Molsoft Free Products

Computational Science Software

Open Directory Science Chemistry Software Physical and Theoretical

FSF France Free Software for Chemistry

Linux4Chemistry

Software-Files-l.Cnet.Com

Accelrys 1

Download.Accelrys

Molegro Molecular Viewer Product

worldofteaching Free Chemistry Powerpoint

Guru Kimia: SOFTWARE KIMIA GRATIS

Download & Installation Modeller

Using QM, Spartan Model Calculates Energies

Sains Komputasi Computational Science

Q-Chem

NIC-Serie: Publikationsreihe des John von Neumann-Instituts für Computing

NetSci: MM/MD Modeling Software Lists

List of Software for Quantum Mechanics

Download Chemistry sorted by last update descending Softpedia

QCLDB2

NAMD - Scalable Molecular Dynamics

Hyperchem For Linux

Blog Kimia Komputasi Dosen

Hyperchem

Software2 Kimia Komputasi

Continue Reading...

DOWNLOAD MATERI DAN BUKU KIMIA KOMPUTASI

Materi Kimia Komputasi

Praktikum Kimia Komputasi I

Praktikum Kimia Komputasi II

Materi Kimia Komputasi I POWERPOIN KIMIA KOMPUTASI I: Oleh: Prof Harno D Pranowo

Materi Kimia Komputasi I POWERPOIN KIMIA KOMPUTASI 2: Oleh: Prof Harno D Pranowo

Materi Kimia Komputasi I POWERPOIN KIMIA KOMPUTASI 3: Oleh: Prof Harno D Pranowo

Materi Kimia Komputasi I POWERPOIN KIMIA KOMPUTASI 4: Oleh: Prof Harno D Pranowo

Materi Kimia Komputasi I POWERPOIN KIMIA KOMPUTASI 5: Oleh: Prof Harno D Pranowo

MATERI WORD KIMIA KOMPUTASI: oleh: Prof Harno Pranowo

Materi Kimia Komputasi II: Oleh: Prof Harno D Pranowo

Kumpulan Jurnal Kimia Komputasi

PowerPoint Computer Modeling

PowerPoint Metode QMMM 1

PowerPoint Metode QMMM 2

PowerPoint Metode QMMM 3

Terjemahan Metode QMMM Hyperchem

Interaction of cysteine with Cu2+

Download Buku Kimia Komputasi Gratis

Introduction to Computational Chemistry

Frank Jensen, Second Edition

Computational Chemistry Jerzy Leszczynski, Volume 6

Computational Chemistry Jerzy Leszczynski, Volume 9

Computatioanal Chemistry Theories and Models Christopher J Cramer, Second Edition

Computatioanal Chemistry Theories and Models Christopher J Cramer, Second Edition NEW

Computational Chemistry Introduction to the Theory and Applications of Molecular and Quantum Mechanics, Errol Lewars

Computational Chemistry and Molecular Modeling K.l.Ramachandran, G.Deepa, K.Namboori

Computational Chemistry, David C, Young

Molecular Modelling Principles and Applications Andrew R.Leach, Second Edition

Modelling Molecular Structures, Alan Hinchliffe, Second Edition

Practical Aspects Of Computational Chemistry Jerzy Leszczynski. Manoj K. Shukla

High Performance Computing in Chemistry (NIC),Johannes Grotendorst

Computational Chemistry David C Young

A Guide to Molecular Mechanics and Quantum Chemical Calculations Warren J.Hehre

Ab Initio Molecular Dynamics Dixminik Marx and Jung Hutter

Adsorption and Diffusion in Zeolites A Computational Study Thijs Joseph Henk Vlugt

Panduan Penggunaan Gaussian 03

Dictionary of Chemistry

Continue Reading...

Hubungan struktur dan sifat

Hubungan struktur dan sifat adalah pendifinisian empiris kualitatif atau kuantitatif antara struktur molekul dengan sifat yang teramati, dalam beberapa kasus, ini merupakan duplikat dari hasil mekanika statistika.

Hubungan struktur dan sifat yang dikaji belakangan ini selalu merupakan hubungan matematika secara kuantitatif. Hubungan sering sekali diturunkan dengan menggunakan perangkat lunak fitting kurva untuk mendapatkan kombinasi linear sifat-sifat molekular, yang dapat memprediksi sifat-sifat yang dimaksud. Sifat molekular biasanya didapatkan dari perhitungan model molekular. Penggambaran molekular yang lain seperti massa molekul atau gambaran topologi juga digunakan.

Jika sifat digambarkan sebagai sifat fisika, seperti titik didih, hal ini dikenal dengan hubungan struktur dan sifat secara kuantitatif Quantitative Structure-Property Relationship QSPR, jika sifat digambarkan sebagai aktivitas biologi misalnya aktivitas obat- maka dikenal sebagai hubungan kuantitatif antara struktur dan aktivitas Quantitative Structure-Activity Relationship, QSAR.

Salah satu penerapan kimia komputasi dalam bidang farmasi adalah pada desain obat. Desain obat adalah proses interasi yang dimulai dengan penentuan senyawa yang menunjukan sifat biologi yang penting dan diakhiri dengan langkah optimasi, baik dari profil aktivitas maupun sintesis senyawa kimia. Tanpa pengetahuan yang lengkap tentang proses biokimia yang bertanggung jawab terhadap aktivitas biologis, hipotesis desain obat pada umumnya didasarkan pada pengujian kemiripan struktural dan pembedaan antara molekul aktif dan tak aktif. Kombinasi antara strategi untuk mensintesis dan uji aktivitasnya dapat menjadi sangat rumit dan memerlukan waktu yang lama untuk sampel pada pemanfaatan obat, untuk itu dikembangkan pendekatan teoritis yang dapat menghitung secara kuantitatif tentang hubungan antara aktivitas biologis terhadap perubahan struktur senyawa yang dikenal dengan istilah QSAR. Perkembangan lanjut dari QSAR adalah QSAR tiga dimensi, CoMFA Comparative Molecular Field Analysis, dalam metode CoMFA, efek sterik, elektrostatik, luas permukaan dari molekul dihubungkan pada deskripsi molekular spesifik (substituen).

Refrensi : Harno D Pranowo

Continue Reading...

Ruang Lingkup Kimia Komputasi

Ruang lingkup kimia komputasi mencakup berbagai bidang antara lain:

a. Dinamika Molekuler

Dinamika molekuler mengandung pengujian terhadap perilaku molekul atau sistem kimia sebagai fungsi waktu, seperti geraka vibrasional atau gerakan Brownian, hal ini sering dikerjakan dengan penjelasan mekanika klasik yang hampir sama dengan perhitungan mekanika molekular.

Penerapan dinamika molekular pada sistem pelarut/zat terlarut memungkinkan dilakukannya perhitungan sifat sistem seperti koefisien difusi atau fungsi distribusi radial untuk digunakan dalam perhitungan mekanika statistik. Pada umumnya skema perhitungan pelarut/zat terlarut dimulai dengan sistem yang terdiri dari sejumlah molekul dengan posisi dan kecepatan awal. Energi dari posisi yang baru dihitung relati terhadap posisi sebelumnya untuk perubahan waktu yang kecil dan proses ini berinterasi salam ribuan langkah sedemikian hingga sistem dapat dianalisis dengan cara pengambilan sampel dari sistem yang telah mencapai keseimbangan.

Dalam rangka menganalisis vibrasi molekul tunggal data energi ditransformasikan secara Fourir ke dalam domain frekuensi. Puncak vibrasi yang diberikan dapat dipilih dan ditransformasikan ke dalam domain waktu, sehingga dapat dilihat gerakan apa yang menyebabkan frekuensi vibarasi tersebut.

Metode dinamika molekular merupakan metode simulasi yang sangat berguna dalam mempelajari sistem molekular seperti molekul organik dalam larutan dan senyawa makromolekul dalam proses metabolisme. Metode ini memungkinkan penggambaran struktur, sifat termodinamika dan sifat dinamis dari sistem pada fasa terkondensasi. Bagian pokok dari metodologi simulasi adalah tersedianya fungsi energi potensial yang akurat untuk memodelkan sifat dari sistem yang dikaji. Fungsi energi potensial dapat disusun melalui metode mekanika kuantum Quantum mechanic, QM atau mekanika molekular Molecular Mechanic, MM. Permasalahan yang muncul adalah QM hanya dapat digunakan untuk sistem sederhana dengan beberapa puluh satuan massa mengingat bahwa perhitungan QM memerlukan waktu yang lama sedangkan metode MM tidak cukup teliti, untuk mengatasi permasalahan ini, dikembangkan suatu metode hibridisasi yang dikenal dengan nama QM/MM, yaitu bagian yang penting dari sistem yang dikaji dihitung dengan metode QM, sedangkan bagian sistem yang tidak harus dijelaskan secara detail dihitung dengan metode MM. Metode QM/MM banyak digunakan dalam simulasi reaksi katalitik enzimatik. Proses kimia dalam larutan dan docking suatu protein dalam reseptor.

b. Mekanika Statistik

Mekanika statistik adalah cara matematika untuk mengekstrapolasi sifat termodinamika dari materi secara keseluruhan (bukti) berpijak pada gambaran molekular dalam tataran metode kertas dan pensil, karena ahli mekanika kuantum belum dapat menyelesaikan persamaan Schroedinger secara eksak hingga sekarang sehingga ahli mekanika statistik tidak mempunyai titik awal untuk mengembangkan metode penyelesaiannya. Perhitungan mekanika statistika sering dilakukan pada akhir perhitungan ab initio terhadap sifat fasa gas. Untuk sifat terkondensasi, sering perhitungan dinamika molekular diperlukan dalam rangka melakukan eksperimen komputasi.

Salah satu metode mekanika statistika yang banyak digunakan dalam kimia komputasi adalah Monte Carlo, dengan metode Monte Carlo, kita dapat mendapatkan gambaran tentang struktur dan energi dalam keseimbangan, tetapi tidak dapat memberikan gambaran dinamika atau sifat yang bergantung pada waktu.

c. Pemodelan keadaan padat

Struktur elektronik dari kristal didefinisikan oleh plot struktur pita bond structure plot, yang memberikan energi dari orbital molekul pada setiap titik dalam ruang, yang dikenal dengan nama daerah Bruillion Bruillion zone. Perhitungan ab initio dan semiempiris menghasilkan energi orbital, sehingga mereka dapat diterapkan pada perhitungan struktur pita, jika perhitungan energi molekul memerlukan waktu yang lama, maka diperlukan waktu yang jauh lebih besar untuk menghitung energi setiap titik dalam daerah Bruillion.

Perhitungan struktur pita telah dilakukan untuk sistem yang sangat komplek, namun demikian perangkat lunak belum cukup secara otomatis dan belum terlampau cepat untuk menyelesaikan kasus-kasus struktur pita.

d. Termodinamika

Termodinamika adalah salah satu dari sekian banyak penjelasan kimia matematis yang telah dibangun, sering kali perlakuan termodinamika didapatkan dengan kerja kertas dan pensil karena banyak aspek kimia dapat dijelaskan secara akurat dengan pernyataan matematika yang sederhana. Perhitungan kimia komputasi akan dapat membantu penyelesaian perhitungan besaran termodinamika, terutama akan sangat berguna jika kita berhadapan dengan molekul-molekul besar.

Refrensi: Harno D Pranowo

Continue Reading...